Tel Aviv University logo

 

Codons decoding times

 

.

Codon/Organism (stage or tissue)

E. coli1

B. subtilis1

C. elegans2

L4 stage

C. elegans2

L2 stage

C. elegans2

L1 stage

M. musculus3

Embryonic stem cells

M. musculus4 Neutrophils

M. musculus5 Embryonic fibroblast

H. sapiens5 HEK293

AAA

0.013

0.00313

0.09245

0.22429

0.07418

0.2777

0.1534

0.12253

0.14788

AAC

0.01326

0.00457

0.0761

0.19341

0.06524

0.2859

0.15458

0.12729

0.14034

AAG

0.01307

0.00829

0.07463

0.16948

0.06151

0.2937

0.14941

0.12

0.12458

AAT

0.01529

0.0049

0.09727

0.25872

0.08098

0.2774

0.16517

0.15045

0.15498

ACA

0.02404

0.00384

0.09095

0.2192

0.07702

0.2697

0.16845

0.13445

0.15344

ACC

0.01914

0.01384

0.06413

0.17497

0.05488

0.2406

0.14359

0.12

0.12808

ACG

0.0194

0.00804

0.09429

0.23046

0.08125

0.2583

0.16684

0.12473

0.13043

ACT

0.01531

0.00412

0.07927

0.2358

0.06946

0.263

0.16636

0.13527

0.15349

AGA

0.03089

0.00804

0.08928

0.2126

0.07618

0.2552

0.15946

0.12

0.14815

AGC

0.01627

0.01006

0.08341

0.19028

0.06496

0.2687

0.15214

0.13953

0.13401

AGG

0.02889

0.01832

0.10009

0.24027

0.08274

0.2955

0.16701

0.13129

0.14382

AGT

0.01843

0.01148

0.10009

0.24035

0.07806

0.2886

0.1586

0.13928

0.15579

ATA

0.01793

0.01165

0.11454

0.30035

0.08908

0.299

0.16039

0.15142

0.16686

ATC

0.01591

0.00492

0.07593

0.21307

0.06714

0.2618

0.14096

0.12

0.12393

ATG

0.01798

0.00476

0.09813

0.25344

0.07982

0.2673

0.15593

0.12508

0.14733

ATT

0.01553

0.00485

0.09626

0.25706

0.07744

0.2665

0.14599

0.13242

0.13501

CAA

0.01792

0.00372

0.07701

0.2023

0.06814

0.2642

0.16609

0.17195

0.17789

CAC

0.01413

0.00587

0.07035

0.18796

0.06501

0.2699

0.15147

0.12452

0.14571

CAG

0.01693

0.00918

0.07912

0.19252

0.06826

0.2726

0.16067

0.13973

0.13826

CAT

0.01534

0.00529

0.09261

0.25016

0.074

0.275

0.16662

0.15352

0.16813

CCA

0.01929

0.00539

0.06719

0.21224

0.06591

0.2478

0.15596

0.14265

0.15097

CCC

0.02652

0.02078

0.08764

0.23721

0.06596

0.2167

0.1342

0.12

0.11139

CCG

0.01551

0.01012

0.08923

0.24578

0.08271

0.2136

0.13893

0.12

0.10966

CCT

0.01858

0.0054

0.08643

0.25087

0.07136

0.237

0.14127

0.12537

0.14516

CGA

0.02292

0.01086

0.0962

0.22654

0.08299

0.2737

0.16009

0.13558

0.15941

CGC

0.01653

0.00607

0.06068

0.16068

0.06229

0.2205

0.13452

0.12

0.08957

CGG

0.03036

0.01921

0.08887

0.24589

0.07815

0.2517

0.15022

0.12

0.10514

CGT

0.01173

0.00269

0.07632

0.18766

0.07014

0.2554

0.13682

0.12

0.12995

CTA

0.03195

0.00285

0.0907

0.246

0.08198

0.2531

0.14943

0.13895

0.15401

CTC

0.0251

0.01056

0.06021

0.18088

0.05535

0.2192

0.13708

0.12

0.13435

CTG

0.01649

0.0093

0.08462

0.22761

0.07237

0.2459

0.14247

0.12

0.13518

CTT

0.02145

0.00519

0.07414

0.20737

0.06473

0.2395

0.14364

0.14901

0.16164

GAA

0.0139

0.00432

0.09827

0.23151

0.08472

0.3124

0.16967

0.14767

0.16382

GAC

0.01303

0.00548

0.08617

0.22595

0.0768

0.3257

0.17882

0.15747

0.14829

GAG

0.01436

0.00814

0.09215

0.23283

0.08636

0.2995

0.16017

0.1357

0.13094

GAT

0.01568

0.0058

0.10252

0.28571

0.09196

0.3466

0.18201

0.15971

0.16581

GCA

0.01338

0.00427

0.08473

0.22544

0.074

0.2621

0.16215

0.13949

0.15615

GCC

0.02041

0.01188

0.05647

0.16115

0.05248

0.2349

0.13403

0.12

0.1045

GCG

0.01348

0.00948

0.08434

0.21433

0.0761

0.238

0.13703

0.12

0.08279

GCT

0.01852

0.00597

0.06959

0.22045

0.05708

0.2464

0.15054

0.12108

0.13372

GGA

0.01938

0.00644

0.07993

0.20554

0.07988

0.3103

0.17744

0.14716

0.15957

GGC

0.01575

0.00833

0.07242

0.18075

0.06282

0.2411

0.13436

0.12

0.09991

GGG

0.01792

0.01634

0.09326

0.234

0.07458

0.2489

0.15828

0.1227

0.11195

GGT

0.01221

0.00354

0.07772

0.19882

0.07296

0.2614

0.13091

0.12

0.12311

GTA

0.01778

0.00335

0.09365

0.23532

0.08082

0.2624

0.16136

0.14379

0.14702

GTC

0.017

0.00651

0.06321

0.17296

0.05912

0.2442

0.1432

0.1208

0.13617

GTG

0.01728

0.00728

0.08622

0.20985

0.07606

0.2492

0.14378

0.12

0.12615

GTT

0.01493

0.0035

0.08001

0.22284

0.06897

0.2567

0.15056

0.12112

0.14843

TAC

0.01983

0.00474

0.07972

0.23707

0.07807

0.2821

0.14719

0.1239

0.15038

TAT

0.01681

0.00651

0.10227

0.30409

0.0876

0.2815

0.13922

0.14366

0.15317

TCA

0.01213

0.00443

0.08773

0.23437

0.07241

0.2768

0.17148

0.14464

0.16693

TCC

0.01415

0.01027

0.0612

0.19255

0.05523

0.2497

0.14528

0.14758

0.13484

TCG

0.01604

0.01079

0.08659

0.21952

0.07373

0.2611

0.15894

0.14345

0.1222

TCT

0.01525

0.00339

0.07857

0.22325

0.06385

0.2647

0.16077

0.12697

0.15756

TGC

0.01958

0.01044

0.07084

0.19295

0.06877

0.2541

0.1493

0.14018

0.13681

TGG

0.02147

0.00909

0.08482

0.22133

0.07477

0.2807

0.18153

0.1489

0.15278

TGT

0.01871

0.00669

0.09591

0.24538

0.08611

0.2576

0.15

0.14858

0.16268

TTA

0.02154

0.00416

0.10484

0.28296

0.08532

0.2731

0.17082

0.13965

0.17189

TTC

0.01557

0.00337

0.08152

0.22286

0.06956

0.2456

0.13383

0.13622

0.14625

TTG

0.02046

0.00927

0.09314

0.22972

0.07546

0.2566

0.1497

0.13381

0.16597

TTT

0.01748

0.00688

0.09644

0.26361

0.08505

0.2649

0.14616

0.13796

0.15944

 

 

Codon/Organism (stage or tissue)

S. cerevisiae6

Exponential

S.cerevisiae7 Exponential gb15

S.cerevisiae7 Exponential A14201

S.cerevisiae7

DNA replication

S.cerevisiae7 Recombination

S.cerevisiae7 Metaphase I

S.cerevisiae7 Metaphase II

S.cerevisiae7 Anaphase

S.cerevisiae7 Spore packing

S.cerevisiae7 Spores

AAA

0.23777

0.18508

0.26467

0.23883

0.236

0.25655

0.16069

0.23192

0.16552

0.26032

AAC

0.17145

0.16424

0.23232

0.22061

0.21005

0.25208

0.18235

0.21784

0.15093

0.20437

AAG

0.16835

0.16055

0.23711

0.21154

0.20497

0.24865

0.16129

0.23468

0.14522

0.19246

AAT

0.2338

0.18375

0.24415

0.23656

0.22015

0.24921

0.15216

0.21694

0.15275

0.17679

ACA

0.22216

0.15609

0.22937

0.20197

0.18404

0.20956

0.13864

0.20712

0.12563

0.18392

ACC

0.12148

0.12246

0.20444

0.17888

0.17298

0.20344

0.1284

0.19406

0.13625

0.18292

ACG

0.24905

0.15737

0.21739

0.19581

0.18872

0.22554

0.14925

0.19454

0.13312

0.18039

ACT

0.14241

0.13594

0.21446

0.18947

0.18023

0.2231

0.16423

0.20321

0.14485

0.17872

AGA

0.14998

0.19284

0.24868

0.2274

0.23371

0.2532

0.16638

0.24038

0.15316

0.23609

AGC

0.22846

0.17144

0.24572

0.2069

0.21675

0.24734

0.17358

0.21263

0.15753

0.20326

AGG

0.2499

0.1728

0.26775

0.21342

0.2007

0.24159

0.1595

0.21862

0.12873

0.21078

AGT

0.23479

0.16849

0.2446

0.23217

0.21928

0.2499

0.15995

0.1

0.14081

0.20423

ATA

0.26622

0.18021

0.24432

0.23162

0.21931

0.22419

0.15075

0.20618

0.14696

0.15469

ATC

0.16898

0.16519

0.24642

0.20567

0.20924

0.25958

0.157

0.22379

0.16199

0.2085

ATG

0.20091

0.15122

0.23302

0.19582

0.18696

0.23045

0.1576

0.22684

0.12639

0.19292

ATT

0.19358

0.17851

0.2685

0.22432

0.2284

0.25693

0.18078

0.26173

0.14937

0.21188

CAA

0.15484

0.14425

0.21732

0.20089

0.18535

0.21469

0.13822

0.21134

0.14937

0.19708

CAC

0.11064

0.10673

0.16944

0.14572

0.14091

0.15688

0.12173

0.19251

0.11909

0.18252

CAG

0.24467

0.15938

0.23925

0.20674

0.20583

0.24627

0.16702

0.21929

0.13687

0.24099

CAT

0.18971

0.13371

0.19165

0.1741

0.1749

0.19659

0.16771

0.20861

0.12823

0.15778

CCA

0.14722

0.13361

0.23154

0.20038

0.18606

0.21305

0.13901

0.21332

0.15034

0.1828

CCC

0.226

0.13157

0.20009

0.15552

0.16964

0.16469

0.1

0.15477

0.12468

0.21183

CCG

0.24471

0.16215

0.23808

0.23047

0.19759

0.23522

0.13865

0.17902

0.13129

0.11626

CCT

0.19451

0.13218

0.21552

0.19347

0.18109

0.21236

0.14906

0.17645

0.14228

0.19837

CGA

0.20826

0.14816

0.19767

0.25841

0.1905

0.25394

0.15896

0.12673

0.12678

0.25262

CGC

0.21686

0.14611

0.23286

0.17589

0.17685

0.24308

0.13344

0.15335

0.13942

0.1291

CGG

0.26635

0.14828

0.20507

0.19138

0.22196

0.17487

0.1238

0.16159

0.1

0.21187

CGT

0.15256

0.12121

0.20683

0.19542

0.18846

0.22267

0.16916

0.23462

0.1468

0.18323

CTA

0.20528

0.16623

0.2308

0.22478

0.21728

0.23054

0.15745

0.2225

0.1606

0.17897

CTC

0.23873

0.12631

0.1665

0.21409

0.17707

0.22394

0.12831

0.20783

0.15568

0.12544

CTG

0.24117

0.15645

0.22024

0.20768

0.19047

0.23823

0.13093

0.26052

0.13224

0.16219

CTT

0.23748

0.15184

0.20652

0.23111

0.21732

0.24632

0.19346

0.21411

0.1

0.18142

GAA

0.20657

0.17012

0.2372

0.23096

0.22182

0.26192

0.16609

0.24124

0.14993

0.19875

GAC

0.17001

0.14501

0.21678

0.20342

0.19835

0.25153

0.15526

0.23636

0.14252

0.1678

GAG

0.24102

0.15911

0.2348

0.2245

0.22183

0.2548

0.16825

0.21698

0.1382

0.18676

GAT

0.20492

0.15939

0.23228

0.21797

0.21096

0.25736

0.2012

0.24402

0.13808

0.19379

GCA

0.21086

0.14332

0.22096

0.19211

0.18217

0.23253

0.1692

0.22076

0.13398

0.17699

GCC

0.13465

0.11123

0.19099

0.17385

0.15919

0.22027

0.16024

0.19947

0.1296

0.16524

GCG

0.22954

0.13257

0.19729

0.18672

0.18458

0.2108

0.16383

0.21217

0.11182

0.19274

GCT

0.12147

0.12007

0.20681

0.18842

0.17374

0.22951

0.15774

0.22545

0.14016

0.1656

GGA

0.23535

0.15978

0.2227

0.20807

0.20639

0.22877

0.15822

0.19061

0.11906

0.18583

GGC

0.20453

0.13934

0.22567

0.20122

0.1888

0.2295

0.15509

0.20145

0.12565

0.18676

GGG

0.23586

0.14738

0.21938

0.21071

0.18033

0.23582

0.14502

0.18043

0.1134

0.20179

GGT

0.13583

0.11428

0.21346

0.18879

0.17974

0.24557

0.16565

0.20012

0.13253

0.17758

GTA

0.25564

0.17007

0.24942

0.22962

0.20321

0.22837

0.15476

0.26075

0.14049

0.19854

GTC

0.12125

0.11771

0.21383

0.18291

0.17718

0.2408

0.14708

0.20783

0.15432

0.20417

GTG

0.22609

0.14047

0.22837

0.20313

0.1922

0.24206

0.16356

0.22541

0.14311

0.20596

GTT

0.15375

0.14518

0.23066

0.20223

0.19965

0.25876

0.17347

0.21168

0.14529

0.19031

TAC

0.17983

0.18027

0.25488

0.26124

0.24067

0.26312

0.15075

0.22926

0.1368

0.19575

TAT

0.22923

0.19101

0.26504

0.24113

0.23307

0.24887

0.19513

0.26157

0.16297

0.2049

TCA

0.21841

0.1615

0.23132

0.2129

0.19782

0.24962

0.13164

0.19247

0.12629

0.16001

TCC

0.14663

0.14382

0.22256

0.19391

0.18867

0.23358

0.16113

0.24505

0.14198

0.17821

TCG

0.24846

0.1615

0.21955

0.20437

0.19146

0.23812

0.13798

0.17308

0.15132

0.18641

TCT

0.16142

0.1539

0.23468

0.20503

0.20792

0.25266

0.14583

0.22175

0.16125

0.20606

TGC

0.20337

0.1527

0.19493

0.21409

0.19443

0.19972

0.16587

0.21024

0.13637

0.15796

TGG

0.16667

0.12806

0.1814

0.19405

0.1706

0.22356

0.16752

0.22543

0.13003

0.261

TGT

0.17474

0.139

0.21468

0.19638

0.19419

0.21593

0.14801

0.22058

0.11242

0.17343

TTA

0.21889

0.16798

0.20989

0.2258

0.20529

0.26297

0.18429

0.24457

0.15012

0.18423

TTC

0.16125

0.16908

0.24608

0.21388

0.20167

0.24664

0.16072

0.23636

0.1474

0.19941

TTG

0.18871

0.14813

0.19275

0.2142

0.20651

0.27671

0.1716

0.24583

0.15983

0.19023

TTT

0.21313

0.17654

0.26886

0.21647

0.21285

0.25793

0.18715

0.26888

0.14422

0.21761

 

* Codon decoding rate = 1/codon decoding time

 

 

MTDR index values of all ORFs can be downloaded from here:

 

Organism (stage or tissue)

E. coli1

B. subtilis1

C. elegans2 L4 stage

C. elegans2 L2 stage

C. elegans2 L1 stage

M. musculus3 Embryonic stem cells

M. musculus4 Neutrophils

M. musculus5 Embryonic fibroblast

H. sapiens5 HEK293

S. cerevisiae6 Exponential

S.cerevisiae7 Exponential gb15

S.cerevisiae7 Exponential A14201

S.cerevisiae7 DNA replication

S.cerevisiae7 Recombination

S.cerevisiae7 Metaphase I

S.cerevisiae7 Metaphase II

S.cerevisiae7 Anaphase

S.cerevisiae7 Spore packing

S.cerevisiae7 Spores

 

 

 

Ribosomal profiles sources:

 

1.      Li, G.W., Oh, E. & Weissman, J.S. The anti-Shine-Dalgarno sequence drives translational pausing and codon choice in bacteria. Nature 484, 538-41 (2012).

2.      Stadler, M., Artiles, K., Pak, J. & Fire, A. Contributions of mRNA abundance, ribosome loading, and post- or peri-translational effects to temporal repression of C. elegans heterochronic miRNA targets. Genome Res (2012).

3.      Ingolia, N.T., Lareau, L.F. & Weissman, J.S. Ribosome profiling of mouse embryonic stem cells reveals the complexity and dynamics of mammalian proteomes. Cell 147, 789-802 (2011).

4.      Guo, H., Ingolia, N.T., Weissman, J.S. & Bartel, D.P. Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels. Nature 466, 835-40 (2010).

5.      Lee, S., Liu, B., Huang, S.X., Shen, B. & Qian, S.B. Global mapping of translation initiation sites in mammalian cells at single-nucleotide resolution. Proc Natl Acad Sci U S A 109, E2424-32 (2012).

6.      Ingolia, N.T., Ghaemmaghami, S., Newman, J.R. & Weissman, J.S. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. Science 324, 218-23 (2009).

7.      Brar, G.A. et al. High-resolution view of the yeast meiotic program revealed by ribosome profiling. Science 335, 552-7 (2012).