Tel Aviv University – School of Computer Science

Workshop - Spring 2021

Workshop on Machine Learning in Healthcare

 סדנה בניתוח מידע רפואי בעזרת שיטות מלמידה חישובית


Instructor: Prof. Ron Shamir

TA: Dan Costerתהליך הדיגיטציה של התיקים הרפואיים ברחבי העולם נמצא בשלב מתקדם, וטומן בחובו אפשרויות רבות של שימוש בנתונים לטובת שיפור עולם הרפואה. נתונים אלו מהווים בסיס להתפתחות רפואה מותאמת אישית ומאפשרים פיתוח מודלים מורכבים שיסייעו בתהליך קבלת ההחלטות הקלינית של הרופא המטפל.

הסדנה תתמקד בניתוח חישובי ובניית מערכות לומדות עבור נתונים רפואיים (Electronic Medical Records) בעזרת כלים מלמידת מכונה וסטטיסטיקה. במסגרת הסדנה ינותחו בסיסי נתונים של מחלקות טיפול נמרץ המכילים נתוני אשפוז של מאות אלפי חולים. נושאי הפרויקטים יהיו מגוונים וייקבעו בצוותא עם הסטודנטים. ייעשה מאמץ לקבל משוב במהלך הסדנה מרופאים ממחלקות טיפול-נמרץ בכדי לוודא את הרלוונטיות הקלינית של המודלים שיפותחו.


הסדנה תכלול מספר מפגשים התחלתיים בהם יינתן רקע חישובי ורפואי, ולאחר מכן פגישות אישיות עם צוותי הפרויקטים השונים. בסיכום ייערך מפגש משותף להצגת הפרויקטים.

אין צורך בידע רפואי או ביולוגי קודם.


הסדנה פתוחה לכל תלמידי מדעי המחשב. ברישום הראשון תינתן עדיפות לתלמידי מסלול הביואינפורמטיקה.


The digitization of medical records around the world has reached advanced stage, which opens many possibilities of using the data to improve medical practice. Medical data form the basis for the development of precision and personalized medicine, and enable the development of complex models that will assist in the clinical decision-making process of the attending physician.

The workshop will focus on computational analysis and building learning systems for electronic medical records using methodologies from machine learning and statistics. As part of the workshop, databases of intensive care units (ICUs) containing hospitalization data of hundreds of thousands of patients will be analyzed. The topics of the projects will be determined together with the students, with different groups focusing on distinct projects. Efforts will be made to receive feedback during the workshop from physicians from ICUs, in order to ascertain the clinical relevance of the models that are being developed.

The workshop will include a number of initial sessions in which a computational and medical background will be provided, followed by in-person sessions with each project team. A joint summary meeting will be held to present the final projects.

No prior medical or biological knowledge is required.

The workshop is open to all Computer Science students. In the first registration round, students in the Bioinformatics track will be given priority.



The project will be done in groups of two or at most three students. There will be several introductory meetings and one final meeting of all participants. All other activities will be by interaction between individual groups and the instructors, with ad-hoc meetings set as needed.

Schedule: (Wednesdays 17:00-19:00; dates are tentative)

3/3, 10/3, 17/3:  lectures presenting the project and providing the necessary background

Individual meetings for each group:

1.      07/04/21: Milestone 1 – Initial project plan

2.      05/05/21: Milestone 2 – Progress status - Initial results

3.      16/06/21: Milestone 3 – Progress status update

Project final report and software to be submitted by 22/08/21

Joint final meeting for all students:

4.      26/08/21: Final project presentations.



Additional course information and data will be provided on Moodle.